關於 Mass Spectrometry v.s. PTM
真是拍水..
自己總是有盲點
以為有講清楚
我再補充一些
希望會清楚ㄧ點
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總之..
質譜就是要看質量的
所以有被 modify (PTM) 的在 protein 上就會有質量增加
由於大部分質譜鑑定蛋白質或做 MS/MS sequencing 都是從 peptide 層次
於是想分析的 protein 都會用 trpsin digest
由 tryptic peptide 分析
所以...
有被 phosphorylation 的在有 phosphorylation site 的 peptide 上
就會有質量增加 (+80)
相較於沒有被 modify 的或是被phosphatase 處理過的
有被 glycosylation 的在有 glycosylation site 的 peptide 上
就會有質量增加
由於醣的組成變化比較多
所以才會把醣用酵素切下來後把醣和 deglycosylated peptides 分開看
醣的 level 與 peptide level
醣就看醣的 MS profile
peptide 就看deglycosylated peptide
因為原本是 Asn-linked 醣
酵素切完之後 Asn--> Asp , 醣 release 出來
所以看 deglycosylated peptide sequence 也可知道此 peptide 原本是有接 N glycan
有被 Ub 的在有 Ub site 的 peptide 上
就會有質量增加
因為 Ub 也是 protein
所以在 trypsin digest 的時候
Ub 也會被切
會剩下 GG 連在原 substrate peptide 上
所以有 GG 的質量增加
另外...
QSPR 我真的不會ㄚ
只是當初沒題目挑了
我也是找 google 的
大家多幫忙吧 ~
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.232.210
推
210.85.112.145 06/30, , 1F
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