[求救] 如何辨識胺基酸是否為conservative substitution?

看板Biotech作者 (我是可憐蟲>_<...)時間15年前 (2009/05/29 03:14), 編輯推噓5(5推 0噓 4→)
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我手上已經有幾條定序完成的核酸序列, 我也會用BioEdit把它們轉成amino acid序列並做allignment, 但我想問,有什麼方法可以判斷同一位置上的amino acid substitution是conserved? 用BioEdit可以做到嗎?還是說有其他軟體可以幫助我判斷呢? 麻煩請幫個忙吧,感激不盡! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 61.62.11.165
推
05/29 19:55, , 1F
做完allignment不就會出現結果嗎? 比較多一點相近的物種
05/29 19:55, 1F
推
05/29 19:56, , 2F
應該就知道那個aa是不是conserved 還是你是問別的
05/29 19:56, 2F
→
05/30 00:55, , 3F
我的意思是同一位置雖然有不同胺基酸但對於整體結構
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或功能其實沒影響的conserved substitution,
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例如Val變成Thr(隨便舉例不一定對)可能不影整體結構.
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05/30 01:04, , 6F
因為paper裡也沒明講,所以想問這究竟該如何判斷..
05/30 01:04, 6F
推
05/30 23:07, , 7F
喔喔 通常還是靠比對遠近物種判斷 專門實驗室的話就會做
05/30 23:07, 7F
推
05/30 23:08, , 8F
mutation來證明 你應該是用比對的吧 比對差異多一點的物
05/30 23:08, 8F
推
05/30 23:09, , 9F
種應該就會看到很多訊息了
05/30 23:09, 9F
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